MICROBIOLOGIE,علم الأحياء المجهرية
Published on: lundi 12 mai 2014 //
Infirmier polyvalent
I-
INTRODUCTION
La
microbiologie est la discipline qui s’intéresse à l’étude des microorganismes
microscopiques tels que les bactéries, les archéobactéries, les champignons,
les algues, et les virus.
II- DÉFINITIONS,
CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE DES BACTERIES
A- Place des bactéries dans le monde vivant
En 1673, Antoni
Van Leeuwenhoek
(1632-1723) fut le premier à observer les bactéries qu’il appela animalcules.
En plus de la première description des globules rouges et des spermatozoïdes,
ce drapier hollandais observa pour la première fois les bactéries et décrivit
leurs différentes formes.
Ce n’est que deux
siècles plus tard que le rôle des bactéries dans les processus de fermentation
et dans la transmission des bactéries a été découvert et que leur étude a
commencé. Les scientifiques les plus illustres de cette époque furent
Louis
Pasteur et Robert
Koch.
Les procaryotes, présents à l’origine
de la vie, ont donné naissance aux Archaebactéries et aux Eubactéries donnant le classement
suivant :
¨La branche des Eucarya (ou eucaryotes avec 4
règnes: animal, végétal, champignons, et protistes),
¨La branche des Archaea (archaebactéries
vivant dans les milieux hostiles : méthanogènes, halophiles, Sulfolobus),
¨La branche des Eubacteria (bactéries proprement
dites).
Grâce aux études
comparatives, il est proposé un autre classement, plus ou moins arbitraire, des
formes de vie en 5 règnes, tous issus directement d’un ancêtre commun :
¨Les Monères (ensemble des
procaryotes, cellules sans noyau).
¨Les Protistes (ensemble des
procaryotes unicellulaires avec noyau).
¨Les Mycètes (ou champignons, qui
regroupent les organismes eucaryotes hétérotrophes et possédant une paroi),
¨Les Végétaux
(organismes autotrophes avec paroi).
¨Les Animaux
(organismes eucaryotes hétérotrophes sans paroi).
Dans aucune
classification, les virus ne forment un règne en tant que tel. Ils ne sont pas
considérés comme des êtres vivants. Les virus sont classés en ordre, famille,
genre, et espèce. De
nombreuses théories existent sur la phylogénie des êtres
vivants : l’arbre phylogénique exprime l’une des théories.
Organisation des cellules eucaryotes et procaryotes
Structure
cellulaire
|
eucaryote
|
procaryote
|
Taille
|
2
- 20 mm
|
0,3
- 2,5 µm
|
Noyau
|
présence
plusieurs chromosomes |
absence
un seul chromosome |
Nucléole
|
présence
|
absence
|
Membrane
nucléaire
|
présence
|
absence
|
Mitochondrie
|
présence
|
absence
|
Lysosome
|
présence
|
absence
|
Appareil
de Golgi
|
présence
|
absence
|
Réticulum endoplasmique
|
présence
|
absence
|
Ribosome
|
présence
association au RE rugueux |
présence
|
B-
Taxonomie et classification des bactéries
Chaque
fois que l’homme attribue un nom à des objets, il fait un classement. La taxonomie est l’ensemble des
principes et théories qui classent et valide les germes.
Les
microorganismes sont classés en taxons, ou groupes, sur la
base de leurs relations phénétiques et/ou phylogénétiques. La classification des
bactéries est maintenant établie de manière phylogénétique. Les méthodes
moléculaires utilisées permettent de connaître les relations entre les
bactéries.
Les
bactéries peuvent être divisées en 12 groupes qui ont été définis à partir de
l’analyse de l’ARN ribosomal 16S et 23S.
L’espèce
est l’unité fondamentale de la classification. Elle regroupe les organismes qui
possèdent de nombreux caractères communs. Cependant à l’intérieur d’une même
espèce, il est possible de distinguer des souches et des clones.
¨Une
souche est la sous division d’une espèce.
¨Un
clone est une population descendant d’une même souche.
Les
noms attribués aux bactéries n’ont pas de sens taxonomique. Ils donnent
cependant un nom à une souche bactérienne isolée d’un produit pathologique sans
aucune ambiguïté.
La classification bactérienne n’est pas forcément bien adaptée à la pathologie. En bactériologie médicale, on peut classer les bactéries selon une classification clinique : les bactéries sont la cause de grands syndromes (méningites, endocardites…) ou selon une classification pathogénique: maladies dues à une même bactérie (staphylocoques, mycobactéries…) ou un même mécanisme pathogénique (toxi-infections…).
La classification bactérienne n’est pas forcément bien adaptée à la pathologie. En bactériologie médicale, on peut classer les bactéries selon une classification clinique : les bactéries sont la cause de grands syndromes (méningites, endocardites…) ou selon une classification pathogénique: maladies dues à une même bactérie (staphylocoques, mycobactéries…) ou un même mécanisme pathogénique (toxi-infections…).
Les
bactéries peuvent être classées selon leurs caractères :
¨Biochimiques
(classification en biotypes ou biovars)
¨Antigéniques
(classification en sérotypes ou sérovars)
¨Pathogéniques
(classification en pathotypes ou pathovars)
¨Enzymatiques
(classification en zymotypes ou zymovars)
¨De
sensibilité aux antibiotiques (classification en antibiotypes)
¨De
sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou lysovars)
¨Moléculaires :
identification de l’ADN par ribotypie, hybridation ADN-ADN, hybridation
ADN-ARN, séquençage de l’ARN ribosomique, etc
Les
bactéries peuvent aussi être classées
selon :
¨La
coloration de Gram
¨La
morphologie
¨La
mobilité
¨La
capacité à sporuler
¨La
température de croissance
¨Les
besoins nutritionnels
¨Le
mode respiratoire
¨La
capacité de photosynthèse
¨L’utilisation
des différentes sources de carbone ou d’azote
¨Le
G+C% du génome.
C- Nomenclature des
bactéries
La
nomenclature est l’ensemble des règles qui régissent l’attribution d’un
nom à chaque taxon distinct. Elle est universelle.
D’une
manière générale, la classification des êtres vivants est hiérarchisée
ainsi :
Les
noms des bactéries sont désignés par deux noms latins : le nom de genre,
écrit avec une majuscule, est suivi du nom d’espèce, écrit en minuscule.
L’ensemble du nom est écrit en italiques (Exp: Escherichia coli).
III-
BACTERIES
Les bactéries sont des organismes microscopiques,
procaryotes, unicellulaires dont le matériel génétique est constitué d’un
chromosome unique dépourvu de membrane nucléique, elles se multiplient par
division binaire, avec un pouvoir de provoquer l’infection.
Les plus petites bactéries ont une taille de 0,1 à 0,2 mm (Chlamydiales, Haemobartonella,
certains mycoplasmes, certains tréponèmes...) alors que les Achromatium
sp. et les Macromonas .sp ont un diamètre supérieur à 10 µm.
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