Organisation des cellules eucaryotes et procaryotes

B- Taxonomie et classification des bactéries

Chaque fois que l’homme attribue un nom à des objets, il fait un classement. La taxonomie est l’ensemble des principes et théories qui classent et valide les germes.

Les microorganismes sont classés en taxons, ou groupes, sur la base de leurs relations phénétiques et/ou phylogénétiques. La classification des bactéries est maintenant établie de manière phylogénétique. Les méthodes moléculaires utilisées permettent de connaître les relations entre les bactéries.

Les bactéries peuvent être divisées en 12 groupes qui ont été définis à partir de l’analyse de l’ARN ribosomal 16S et 23S.

L’espèce est l’unité fondamentale de la classification. Elle regroupe les organismes qui possèdent de nombreux caractères communs. Cependant à l’intérieur d’une même espèce, il est possible de distinguer des souches et des clones.

¨Une souche est la sous division d’une espèce.

¨Un clone est une population descendant d’une même souche.

Les noms attribués aux bactéries n’ont pas de sens taxonomique. Ils donnent cependant un nom à une souche bactérienne isolée d’un produit pathologique sans aucune ambiguïté.
            La classification bactérienne n’est pas forcément bien adaptée à la pathologie. En bactériologie médicale, on peut classer les bactéries selon une classification clinique : les bactéries sont la cause de grands syndromes (méningites, endocardites…) ou selon une classification pathogénique: maladies dues à une même bactérie (staphylocoques, mycobactéries…) ou un même mécanisme pathogénique (toxi-infections…).

Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères :

¨Biochimiques (classification en biotypes ou biovars)

¨Antigéniques (classification en sérotypes ou sérovars)

¨Pathogéniques (classification en pathotypes ou pathovars)

¨Enzymatiques (classification en zymotypes ou zymovars)

¨De sensibilité aux antibiotiques (classification en antibiotypes)

¨De sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou lysovars)

¨Moléculaires : identification de l’ADN par ribotypie, hybridation ADN-ADN, hybridation ADN-ARN, séquençage de l’ARN ribosomique, etc

Les bactéries peuvent aussi être classées selon :      

¨La coloration de Gram

¨La morphologie

¨La mobilité

¨La capacité à sporuler

¨La température de croissance

¨Les besoins nutritionnels

¨Le mode respiratoire

¨La capacité de photosynthèse

¨L’utilisation des différentes sources de carbone ou d’azote

¨Le G+C% du génome.

C- Nomenclature des bactéries

La nomenclature est l’ensemble des règles qui régissent l’attribution d’un nom à chaque taxon distinct. Elle est universelle.

D’une manière générale, la classification des êtres vivants est hiérarchisée ainsi :

Les noms des bactéries sont désignés par deux noms latins : le nom de genre, écrit avec une majuscule, est suivi du nom d’espèce, écrit en minuscule. L’ensemble du nom est écrit en italiques (Exp: Escherichia coli).

III- BACTERIES

Les bactéries sont des organismes microscopiques, procaryotes, unicellulaires dont le matériel génétique est constitué d’un chromosome unique dépourvu de membrane nucléique, elles se multiplient par division binaire, avec un pouvoir de provoquer l’infection.

Les plus petites bactéries ont une taille de 0,1 à 0,2 mm (Chlamydiales, Haemobartonella, certains mycoplasmes, certains tréponèmes...) alors que les Achromatium sp. et les Macromonas .sp ont un diamètre supérieur à 10 µm.